Centrum, skąd wszystko promieniuje i dokąd się wszystko zbiega, jest ołtarz, pozdrawiany, całowany i okadzany przez kapłana, co czyni go najświętszym przedmiotem świątyni. Ołtarz główny pod wezwaniem Matki Bożej Królowej Korony Polskiej według kroniki klasztornej został zaprojektowany przez profesora Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu Jerzego Hoppena. Prace nad projektem ołtarza zostały zlecone w styczniu 1948r.
Jak podaje kronika, ołtarz wykonany został z drewna pozostałego po rozebraniu antresoli z naw bocznych. Na mensie spoczywa nastawa ołtarzowa, a na niej tabernakulum, dla którego tłem jest drewniana predella ozdobiona motywami roślinnymi przypominającymi gałązki winogrona z owocami i kwiatami. Motyw ten w symbolice chrześcijańskiej nawiązuje do słów Jezusa: „Ja jestem krzewem winnym, a wy - latoroślami”. Ozdobiona w ten sposób predella jest tłem dla skromnie wykonanego tabernakulum mającego jedynie monogram Jezusa Chrystusa IHS na drzwiczkach. Imię Jezus (IHCOYC) zaczęto skracać do dwóch liter IH. Od IV wieku do liter IH dodawano jeszcze C, na skutek latynizacji skrót IHC przybrał formę rozpowszechnionego zapisu IHS (dawna wymowa słowa Jezus – Ihesus). Tabernakulum w symbolice świątyń chrześcijańskich oznacza namiot (u Hebrajczyków: namiot - ‘Święte’ i ‘Święte Świętych’), w którym spoczywa ciało Chrystusa pod postacią chleba.
Po prawej i lewej stronie tabernakulum znajdują się dwie postacie – świętego Piotra i świętego Pawła. Rzeźba św. Piotra wykonana jest z drewna. W lewej ręce trzyma on otwartą księgę oraz klucze. Ubrany jest w białą tunikę i złoty, a od wewnątrz zielony, płaszcz. Na głowie ma charakterystyczny lok.
Święty Paweł przedstawiony jest jako mężczyzna o kędzierzawych włosach, z długą brodą. W prawej ręce trzyma zamkniętą księgę (symbol 13 listów Pawłowych), w lewej miecz (symbol męczeństwa apostoła oraz znak głoszonego przez niego Słowa Bożego). Ubrany jest w złoty płaszcz i szarozieloną tunikę, która prawdopodobnie początkowo była zielona.
W środku ołtarza znajduje się galeria, a w jej centrum obraz Matki Bożej Królowej Korony Polskiej. Według zapisu na tabliczce zamieszczonej na obrazie obraz został wykonany w warsztacie Johannesa Bauera w roku 1754, natomiast srebrne ozdoby wykonali gdańscy złotnicy w warsztacie Hansena i Hassego. Obraz odnowiono w roku 1931 w gdańskiej firmie Morritzstumpf. Wcześniej obraz służył jako feretron w dzisiejszej archikatedrze. Według ks. Zygmunta Iwickiego feretron ten służył pielgrzymom niemieckim mieszkającym w Gdańsku przed II wojną światową podczas pielgrzymek do Wejherowa. Z powodu braku ołtarza został przekazany przez biskupa Spletta w roku 1945 do tutejszego kościoła i pozostaje do dziś. Drugi bliźniaczy feretron możemy zobaczyć w archikatedrze.
Obraz w ołtarzu głównym przedstawia Matkę Bożą z dzieciątkiem na lewej ręce i berłem w prawej. Na głowy Maryi i Dzieciątka nałożone są korony. Postaci umieszczone są na czerwonym tle, a nad głową Maryi znajduje się dwanaście gwiazd. Pod obrazem widnieje napis: Maryjo Królowo Korony Polskiej módl się za nami. W obrazie Maryja czczona jest jako Królowa, gdyż tym mianem nazywana była od początku IV wieku. Tytuł Maryi Królowej Polski nadał Jej król Jan Kazimierz, kiedy uroczystym aktem 1 kwietnia 1656 roku oddał cały naród pod Jej opiekę. Z kolei papież Jan XXIII ogłosił Najświętszą Maryję Pannę Królową Polski oraz główną Patronką kraju.
W omawianym obrazie ołtarzowym Maryja ma założoną koronę, którą podtrzymują dwaj aniołowie. Jest to nie tylko atrybut Jej królewskości, ale też cnót teologicznych: wiary, nadziei, miłości, oraz cnót kardynalnych.
Obok obrazu Maryi w ołtarzu znajdują się jeszcze cztery kwatery. W kwaterach bezpośrednio sąsiadujących z obrazem znajdują się bardzo podobne do siebie figury ewangelistów. Według tradycji klasztornej to święci Jan i Łukasz. Obie figury pochodzą z poprzedniego wystroju kościoła. Prawdopodobnie zmieszczono je w ołtarzu, dlatego iż w życiu obu ewangelistów Maryja zajmowała szczególne miejsce. Dwie kolejne postaci w galerii to patroni zakonu – święci Benedykt i Bernard. Święty Benedykt, ubrany w czarny benedyktyński habit, w prawej ręce trzyma pastorał – atrybut władzy opackiej, natomiast w lewej – księgę symbolizującą prawo. Był twórcą reguły, według której żyją cysterscy mnisi. Z kolei święty Bernard, ubrany tutaj w białą kukulę, był opatem w cysterskim klasztorze w Clairvaux, dlatego też trzyma w ręce pastorał – znak władzy opackiej oraz księgę symbolizującą jego wiedzę jako Ojca i Doktora Kościoła. Święty Bernard czczony jest jako m.in. patron cystersów, nadano mu bowiem tytuł współzałożyciela zakonu cystersów, gdyż za jego czasów zakon w całej Europie przeżywał niebywały rozwój.
